染色质免疫共沉淀

染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation Assay, ChIP）：ChIP是一项比较流行的研究转录因（transcriptionfactor,TF）与启动子（promoter）相互结合的实验技术。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并通过超声或酶处理将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过抗原抗体的特异性识别反应沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。它能真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的一种很好的方法。

染色质免疫共沉淀（ChIP）实验的优点

与传统的研究转录因子和DNA相互作用的方法相比，染色质免疫共沉淀（ChIP）技术是一种在体内研究DNA与蛋白质相互作用的理想方法。染色质免疫共沉淀（ChIP）的优点在于能够在体内捕获转录因子和靶基因的相互作用，能同时快速地提供一种或者多种基因的调控机制，因此有着非常重要的应用价值。

染色质免疫共沉淀（ChIP）实验的局限性

染色质免疫共沉淀（ChIP）技术也有一定的局限性：

第一，该技术需要抗目的蛋白或者特殊修饰标签的高度特异性抗体。

第二，假阴性信号可能源于无效的抗体结合或者在交联过程中抗原受到干扰。

第三，甲醛固定可能是暂时的，甚至是非特异的，可能导致相邻的蛋白形成假阳性信号。

第四，难以同时得到多个蛋白质对同一序列结合的信息等。

免疫共沉淀

免疫共沉淀(Co-IP)是免疫沉淀的延伸,主要用于蛋白-蛋白相互作用检测。如果样品溶液中存在与靶蛋白相互作用的目的蛋白,也会被一同捕获及纯化得到,通过SDS-PAGE、Western和质谱等方法鉴定与靶蛋白结合的蛋白。其原理是如果两个蛋白在体外体系能够发生特异性相互作用的话，那么当用一种蛋白的抗体进行免疫沉淀时，另一个蛋白也会被同时沉淀下来。其基本流程如下:

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