（1）在噬菌体展示过程中必须经过细菌转化、360问答噬菌体包装，有的展示系统还要经过跨膜分泌过程，这就大大限制了所建库的容量和分子多样性。目前，常用的噬菌体展示文库中含们药田刑为常数去越连解有不同序列分子的数量一般限制在10。
（2）不是所有的序列都能在噬菌体中获得很好的表达，因为有侵半风面鱼见书些蛋白质功能的实现需要折叠、转运、膜插入和络合，导致在体内筛选时需外加选择压力。例如，在噬菌体展示文库试验中，由于部分未折叠的蛋白在细菌中很容易被降解，因此，必须小心控制条件，以保证在噬菌体表面展示的文库没有降解。们求照起油加另外，鼠源抗体在噬菌电散愿问马致体中表达差，也是体内选择压力的一个例子。真核细胞蛋白在细菌中表达差是因为它们的蛋白质合成与折叠机制不同的缘故 。
（3）噬菌体展示文库卫叶抗随临一旦建成，很难再进行有效的体外突变和重组，进而限制了文库中分子遗传造养笑非目香的多样性。
（4）由于噬菌体展示系统依赖于细胞号内基因的表达，所序以，一些对细胞有毒性的分子如生物毒素分子，很难得到有效表达和展示。
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