Label-free MS/MS定量方法

技术：

    ProtTech公司根据格里芬发表文章(Nature Biotechnology 28, 83-91, 2010)里的方法开发了label-free蛋白定量生物信息学平台。该方法结合了三种水平的MS丰度特征（肽谱计数，光谱计算和片段离子强度）来消除重复的MS测量值之间的差异。它能够在相同或者不同样品中重复测定几千种蛋白。

步骤:

1：分组。根据样品中蛋白的数量和客户要求分析的程度，我们将蛋白按照分子量、电荷、疏水性等性状分成多个组分。常用的分离方法包括SDS-PAGE，SCX等色谱方法。蛋白的分组有利于样品深度的分析和检测到更多蛋白。当然，也会增加工作量和费用。

2、亲和纯化。有时候只需要进行某一组蛋白组学分析，例如有特定修饰的肽段。标准的亲和纯化过程包括胰蛋白酶水解和亲和层析。IMAC方法经常被用于纯化磷酸化肽类，抗体经常被用来纯化乙酰化或泛素化肽类。有针对性的对翻译后修饰的位点进行识别。由于亲和纯化后未经修饰的肽被分离，翻译后修饰肽类的相对含量能够测出，绝对含量测不出。

3、数据采集。NanoLC/MS/MS系统能够获得样品胰蛋白酶水酶解后肽段的MS/MS数据。NanoLC系统提供了超高灵敏度的LCMS检测，比LCMS系统高了几千倍。我们使用的具有快速扫描速率（线性离子阱系统）的质谱仪可以获得更多的MS / MS数据和更深度的蛋白质组学分析。

4、生物信息学分析。获得的LCMS数据输入到我们的专有软件程序中进行生物信息学分析。分析包括：i) 从MS / MS数据识别的肽序列；ii). 聚集相同的蛋白所有肽序列；iii).从多个组分中聚集相同蛋白；iv).计算每个蛋白质的SNI和在原样品中的相对丰度；v).几组样品蛋白差异分析和蛋白丰度差异分析。

5、交付。我们将所有鉴定出的蛋白和蛋白的差异分析显示在报告中。